近年来，CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation） 技术因其高灵敏度、低背景和细胞数需求少等优势，迅速成为表观遗传学研究中的重要方法。相比ChIP-seq，CUT&Tag该方法能在更低输入量下实现更高分辨率的蛋白-DNA相互作用图谱，更适用于稀有细胞群体或临床样本的染色质研究。在实际实验中，CUT&Tag测序的成功与否在很大程度上取决于样本准备阶段的规范性与科学性。系统研究CUT&Tag技术的原理与优势，是帮助科研人员避免常见误区、优化实验设计，提升数据可靠性的重要基础。

一、CUT&Tag技术原理简述

CUT&Tag 是一种将抗体识别目标蛋白与 Tn5 转座酶介导的文库构建相结合的技术，核心流程包括：

• 细胞固定或渗透处理
• 特异性抗体结合目标蛋白
• Protein A/G-Tn5 复合体结合抗体
• 激活 Tn5 转座酶就地剪切并插入接头
• PCR 扩增生成测序文库

该流程不仅简化了实验步骤，还显著降低了背景噪音，实现高信噪比的富集区域检测。

二、CUT&Tag与ChIP-seq比较分析

对于高通量需求或样本有限的研究，CUT&Tag 是更具性价比的选择。

三、CUT&Tag技术样本准备建议：影响CUT&Tag成败的关键因素

1、细胞采集与处理

（1）细胞状态统一：建议处于对数生长期，避免细胞应激或凋亡。

（2）最低输入量：理论上 CUT&Tag 可在 100–10,000 个细胞下进行，但推荐输入量为 10,000–50,000 个细胞/样本。

（3）保持完整性：切忌过度搅拌或冻融，保持细胞核结构完整。

2、固定 vs. 非固定处理

（1）CUT&Tag 支持原位检测，通常不需要交联固定。

（2）对于某些非易保存样本（如组织切片、冷冻样本），轻度甲醛交联（0.1–0.5%）有助于结构保持，前提是优化脱交联步骤。

3、抗体选择：决定特异性与富集度

（1）优先选择已验证的 CUT&Tag 抗体。

（2）对于转录因子，需验证抗体结合活性和靶点特异性。

（3）避免使用未经验证或交叉反应强的抗体，以免信号偏移。

4、样本保存与运输建议

（1）若样本不能即时处理，推荐两种方案：

　① 轻度固定后 -80°C 保存；

　② 使用细胞保护液（如 Cellbanker）冻存。

（2）运输时应使用干冰或液氮，避免反复冻融。

四、数据分析注意事项：信号评估与背景控制

1、标准质控指标

（1）Mapping rate ≥ 80%

（2）FRiP 值（信号区域占比）> 0.3 为高质量标准

2、背景评估

设置 IgG 对照组可有效排除非特异性结合信号。

3、常用分析工具

（1）SEACR：信号区域识别

（2）deepTools：信号可视化

（3）IGV：基因组浏览器

五、百泰派克生物科技的CUT&Tag解决方案

• 拥有多种常用组蛋白修饰和转录因子抗体资源
• 提供低细胞量优化方案（支持≤5000个细胞）
• 实施全流程 QC 控制（抗体验证、片段长度检测、文库复杂度评估）
• 提供详细的生信分析报告（peak注释、GO/KEGG分析、motif发现等）

CUT&Tag 技术以其卓越的分辨率与灵敏度，正成为染色质研究的重要工具。合理的样本准备策略，包括细胞处理、抗体选择与保存运输等，是确保实验成功的核心。百泰派克生物科技结合前沿实验技术与专业生信团队，助力您从样本到数据一站到位，高效开启表观调控探索之旅。如需了解具体技术方案、样本提交标准或获取实验建议，欢迎访问我们官网或联系技术支持团队。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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